崇祯二年（1629）十月，后金铁骑第一次入塞，威胁北京。袁崇焕入卫京师，被逮，次年被杀。
崇祯二年（1629）除夕，三公主出生于北京紫禁城后官。当日，父亲朱由检得古玉昆仑玦一枚，为她取名为朱媺玉。母亲以怀玉为其乳名，人称怀玉公主。
崇祯三年（1630）五月，后金军返辽东。十二月，再加派辽饷153万余两，共计680万余两。
崇祯四年（1631）八月，清军围攻辽东前线重镇大凌河，十月城降。
崇祯五年（1632）八月，皇三子朱慈炯生，后封定王。
崇祯六年（1633）六月，皇四子朱慈焕生，后封永王。
崇祯七年（1634）七月，后金军第二次入塞，蹂躏宣府、大同一带。十一月，陈奇瑜以剿抚无效罢职逮治，改任洪承畴为五省总督。
崇祯八年（1635）正月，农民军克凤阳，掘皇陵。明廷调集各省精兵7万余在中原进行会剿。
崇祯九年（1636）四月，皇太极即皇帝位，建国号大清，改元崇德。七月，清军第三次入塞，攻掠京畿地区。九月返回。
崇祯十年（1637）年初，相继发生告复社“败坏风俗”、“以乱天下”的事件。三月，杨嗣昌出任兵部尚书，提出“十面张网”的对农民军作战计划。
崇祯十一年（1638）九月，清军第四次入塞，扫荡畿南、山东。陷真定、广平、顺德、大名等地。大学士孙承宗殉职，卢象升在巨鹿阵亡，京师戒严。两面受敌的明朝，不得不从西线把主帅洪承畴调来，与孙传庭率军入卫。
同年，李自成部遭明军围剿，损失惨重，仅余十八人。陕西省延安市富县太平村发现的《李自成家谱》表明，李自成是西夏国王李元昊的后代，系党项族。
崇祯十二年（1639）正月，清军克济南，掳德王。五月，张献忠、罗汝才在谷城、房县再度起义。七月，农民军在罗猴山大败明军左良玉等部。
崇祯十三年（1640）二月，张献忠在玛瑙山受到重创。秋，张献忠、罗汝才部四川，攻克大批州、县。同年，清军攻锦州及宁远，洪承畴派兵出援，败于塔山、杏山。
崇祯十四年（1641）正月，李自成部复振，攻克洛阳，杀福王。张献忠部出川，二月克襄阳，杀襄王。同年春，清军对锦州实行包围，明廷调集13万大军出山海关救援。
为挽救辽东危局，明廷遣洪承畴领精锐十三万集结宁远。三月，皇太极发大兵围攻锦州，采取长期围困方针，势在必克。八月，皇太极切断明军粮道和归路，洪承畴主张决一死战，而各部总兵官主张南撤，最后集议背山突围。遭到伏击，十三万精锐土崩瓦解，先后被斩杀者五万三千多人，自相践踏及赴海而死者无计其数。洪承畴带领残兵万余人，被清军围困于松山，饷援皆绝。
崇祯十五年（1642）新年，揖拜阁臣，再图振兴。二月，李自成部在襄城大败明军，杀陕西总督汪乔年。
这时，松山战场被围已有半年，城中粮食殆尽。松山副将夏承德叩请清军，用儿子夏舒做人质约降。三月，清军夜攻，松山城破，洪承畴被俘，总兵曹变蛟被杀。
松山兵败，举朝大震，崇祯皇帝极为痛悼，辍朝三日，以王侯规格亲自致祭，以一篇《悼洪经略文》明昭天下。七日一坛，祭到第九坛时，有消息称洪承畴已经降清，御祭始罢。
崇祯十五年（1642）七月，皇贵妃田氏病故。九月，黄河堤溃，开封被水冲毁。十月，李自成在郏县大败明陕西总督孙传庭部。十一月，清军第五次入塞，深入山东，俘获人口36万多。
同年春，田遇弘献陈园园于崇祯，伴随艺伎八人和舞伎六十四人。皇贵妃田氏病故后被崇祯退回田府。留祁英于冷宫照顾怀玉公主起居与学习。
崇祯十六年（1643）年初，李自成在襄阳建立政权。民谣：杀牛羊，备酒浆，开了城门迎闯王，闯往来时不纳粮。二月，京师瘟疫流行。五月，张献忠部克武昌，杀楚王，正式建立政权。八月，清太宗皇太极病故，幼子福临继位，改明年为顺治元年。十月，李自成攻克潼关，孙传庭战死。农民军相继攻克西安及陕西全省。
崇祯十七年（1644）正月初一日，李自成在西安称帝，建国号“大顺”。随即分兵两路向北京进军。三月，李自成部兵临北京城下。
三月十七日半夜，守城太监曹化淳率先打开外城西侧的广甯门。三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏率军，崇祯皇帝在景山自缢。二十七日，大顺军开始拷掠明官，四处抄家。刘宗敏制作了五千具夹棍，木皆生棱，用钉相连，夹人之后无不骨碎。凡拷夹百官，大抵家资万金者。数稍不满，再行严比，夹打炮烙，备极惨毒，不死不休，死者有1600余人。
怀玉公主随祁英出宫，南下避难。五月，到留都金陵，隐身于玉荷园。
同行的杨宛与田妃之妹田淑英死于途中。
顺治元年（1644）五月，明朝留都官僚拥立福王朱由崧为帝，建立南明弘光政权。不久，腐败的弘光政权就党争不断，内讧不已，到处搜刮掠夺，祸国殃民。
顺治元年（1644）十月，清廷以豫亲王多铎为定国大将军，率两万骑兵征讨南明。不久，因陕西李自成大顺军日炽，多铎奉命转兵西征，从而给弘光政权以喘息之机。十一月，史可法筹划淮河防御，先后数十次上疏，但南明朝廷上下醉生梦死，不予重视，失去了宝贵的时机。
顺治二年（1645）正月，清军攻破潼关击败大顺军。三月，驻武昌之宁南侯左良玉以“清君侧”之名，率部东下。弘光政权急调黄得功部赴长江抵御。清军乘机趋徐州，南明总兵李成栋登舟南遁，清军遂连陷颍州、亳州和砀山。四月初九，占领徐州。
顺治二年（1645）四月十八日，南明降将李成栋引清军包围扬州城，史可法急檄各镇赴援，无一前来。二十五日，清军急攻破城，史可法被俘，不屈就义。其残部和百姓继续巷战，直至矢尽人亡。清军屠城十日，其暴行惨状骇人听闻：“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土。满地婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野……”或“遇一卒至，南人无论多寡，皆垂首匍匐，引颈受刃，无一敢逃者。”
顺治二年（1645）五月初八日，清军乘大雾夜渡长江，次日克镇江。南明沿江守军皆溃。十四日，清军自镇江南下丹阳，西趋句容，直抵南京城下，南明遣臣迎降。二十二日，清军俘获逃奔芜湖的弘光帝朱由崧。
顺治二年（1645）六月初五日，清廷令江南各处军民尽皆剃发，并继续抚剿江南未下城邑。清军自常州、无锡直取苏州，十三日进入杭州。清廷的剃发令促使民族矛盾激化，江南各地军民纷纷起兵抗清，其中最著名者为嘉定、江阴二城。十七日，嘉定城民在黄淳耀、侯峒曾等领导下，坚守孤城，抗击清兵。至七月初四日李成栋引清军破城。江阴人民在阎应元等指挥下，自闰六月初一日至八月二十一日，守城81天，先后挫败24万清军的进攻。九月二十一日，清廷于江宁设驻防将军，派兵部尚书洪承畴经略江南，以汉治汉，招抚江南各省。
中秋之后，英姐结识了江宁总兵手下的遒丰将军。抗清英雄，兵部尚书陈子龙兵败泖湖，藏身于玉荷园。
顺治三年（1646）春，陈子龙离开英姐之后，率白腰党聚众千余，结营太湖。他们出入无常，连攻嘉善，并在吴江汾湖大败清军。
顺治三年（1646）秋，白腰党首领吴易被执，义师失败。陈子龙沈忧咤叹，泣然曰：“茫茫天地将安之乎？”
顺治四年（1647）春，清松江提督吴胜兆，广收“白腰党”降卒，密谋起兵反清。四月十六日，事泄被捕，入狱穷治。清江宁将军巴山和江宁巡抚土国宝，阴谋以此事为借口，尽除三吴名士。五月初，因仆人举报，陈子龙在吴县被捕。审讯中，他植立不屈，神色不变……五月十三日，陈子龙被押往南京。在途经跨塘桥时，陈子龙突然投水以死。清军将其凌迟斩首，暴尸于岸，数日后弃尸于水……其门生王沄和轿夫吴酉等人，在毛竹港找到他的遗体，具棺埋葬。
顺治四年（1647）五月二十七日，陈子龙门生夏完淳，在赴丧途中巧救了怀玉公主。
夏完淳字存古，号小隐，原名为夏复，其乳名为端哥。他有一姐一妹，姐姐淑吉，字美南，号荆隐。妹妹惠吉，字昭南，号兰隐。兄妹三人被江南名士称为“空谷三隐”。完淳曾在诗中称赞其兄妹情谊：“天涯风雨雁飞鸣，雨雪相依倍有情……”
顺治四年（1647）初秋，夏完淳在家乡被捕。
南京旧朝堂上，洪承畴高坐，喝问下面被提审的夏完淳：“汝童子有何大见识，岂能称兵犯逆。想必是被人蒙骗，误入军中。如归顺大清，当不失美官。”
夏完淳不为所动，反问洪承畴：“尔何人也？”
旁边虎狼衙役叱喝：“此乃洪大人！”又有狱吏在其旁低声告之：“此乃洪承畴先生。”
夏完淳佯作不知，厉声抗喝：“哼，堂上定是伪类假冒。本朝洪承畴先生，皇明人杰，他在嵩山、杏山与北虏勇战，血溅章渠，先皇帝闻之震悼，亲自作诗褒念。我正是仰慕洪承畴先生的忠烈，才欲杀身殉国，以效仿先烈英举。”
狱吏们此时很窘迫。洪承畴在上座面如土灰。上来一人，厉声叱喝夏完淳：“上面审你的，正是洪承畴！”
夏完淳朗声一笑：“不要骗我！洪承畴先生死于大明国事已久，天子曾临祠亲祭，泪洒龙颜，群臣呜咽。汝等何样逆贼丑类，敢托忠烈先生大名，穿虏服虏帽冒允堂堂洪先生，真狗贼耳！”
洪承畴汗下如雨，嘴唇哆嗦，小英雄字字戮到他灵魂痛处。
忽然，他的岳父因久受严刑体力不支，在一旁倒地不起。夏完淳忙上前扶起岳丈，厉声激励道：“大人，我们歃血为盟，决心在江南举义抗敌，实乃奇大丈夫平生之豪事，何必气沮！”
1647年，九月秋决，夏完淳等三十多名抗清义士在南京西市慷慨就义。手提鬼头大刀，凶神恶煞般的刽子手，面对十六岁昂然挺立的美少年，也瑟瑟发抖……
顺治五年（1648）四月，洪承畴奉召返京，再次入内院佐理机务。摄政王多尔衮对其慰劳备至，宠信有加，一连数日召见垂询各省兴革之事，所有建议，无不采纳。
洪承畴主政江南期间，镇压了众多反清义军，斩杀了不少的抗清名士，如：都御史金声、大学士黄道周、英俊少年夏完淳等等……他的母亲和亲弟弟洪承畯，都面责他不忠不孝，不仁不义。
顺治五年（1648）五月，怀玉公主偕吴姐、小玉和小红，初创天地会组织和纲领。
地振高罡，一脉溪山千古秀；门朝大海，三合河水万年流。
天地会是民间秘密社团，兴起于明末清初之际，又名洪门。天地会成员，最初以下层穷苦人民为主，多为破产的农民和没有固定职业的江湖流浪者。它以反清复明，顺天行道，劫富济贫为口号，在会内主张互济互助，有难同当。